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조세브리핑_TAX Briefing

배포일시	2025. 2. 26.(수)	생산부서 (담당자)	연구기획실 실 장 함택동 / 02-6011-8558 담 당 나윤성 / 02-6011-8559

2024년 세법개정 후속 시행규칙 개정안 핵심사항

회원님, 안녕하십니까?

우리회는 최고의 조세전문가인 세무사 회원님께서 꼭 알아야 하고 고객을 위해 제공할 수 있는 중요한 조세뉴스와 핵심 조세정보를 ‘조세브리핑’으로 적시성 있게 제공하고 있습니다.

기획재정부는 2024년 세법개정 및 시행령에서 위임한 사항과 주요 개선사항 등을 규정하기 위해 소득세법 시행규칙 등 17개 후속 시행규칙 개정안을 입법예고 했습니다. 이 시행규칙 개정안은 입법예고·부처협의, 법제처 심사 등의 절차를 거쳐 2025년 3월 중 공포·시행될 예정입니다.

이에 사업현장에서 필요한 개정세법 시행규칙 주요 개정사항을 정리하여 회원님께 알려드리니, 자부심 높은 최고의 세무전문가인 세무사로서 직무수행에 적극 활용하시기 바랍니다.

붙임: 1. 2024년 세법개정 후속 시행규칙 개정안 핵심사항

2. 2024년 세법개정 후속 시행규칙 개정안(개조식)

3. 2024년 세법개정 후속 시행규칙 개정안(상세본)

한국세무사회 대외홍보실	02-521-9455

2024년 세법개정 후속 시행규칙 개정안 핵심사항

- 기획재정부(2025.2.26.) 입법예고 -

(2025. 2. 26. 한국세무사회 제공)

1		공통사항

□ 세무대리인 정보 관련 서식 변경

(부가칙 별지 제21호, 소득칙 별지 제16호 서식 등 다수)

◦ (현행) 세무대리인 생년월일

◦ (개정) 세무대리인관리번호

□ 간주임대료 계산 및 주택임차자금 차입금 기준 이자율 조정(소득칙 §23·§57, 법인칙§6, 부가칙§47)

◦ (이자율 인하) 연 3.5% → 3.1%*

* 적용시기 (간주임대료) 규칙 시행일이 속하는 과세기간 분부터 적용

(주택임차자금 차입금) 규칙 시행일 이후 차입하는 분부터 적용

□ 과세자료 제출방법 변경(과제칙§2②)

◦ (현행) 국세청장과 협의하여 전자적기록매체*로 제출 가능

◦ (개정) (원칙) 국세정보통신망(홈택스)을 이용하여 제출

(예외) 홈택스로 제출이 어려운 경우 전자적 기록매체*와 서면 제출 가능

* 이동식 저장장치 또는 광디스크 등

2		소득세법 시행규칙

□ 거주기간으로 인정되는 일시적 출국 사유 구체화(소득칙 §2)

◦ (구체적 사유) 단기관광, 질병의 치료, 친족 경조사, 출장 등 이와 유사한 사유

□ 건축물 멸실·철거시 비사업용 토지 중과 미적용 기간 확대(소득칙 §83의5)

ㅇ (현행) 건축물 멸실‧철거 후 2년 내 해당 부지 양도 시 비사업용 토지 양도세 중과세율(10%p) 적용 배제

ㅇ (개정) 비사업용 토지 중과세율 회피 목적 빈집 방치 사례를 방지하기 위해 중과세율 적용 배제 기간 확대(2년→5년)

3		법인세법 시행규칙

□ 공동경비 분담기준 합리화(법인칙 §25②)

ㅇ (현행) (원칙) 매출액 또는 총자산가액 총액 비율

(예외) 참석인원(공동행사비), 구매금액(공동구매비) 등

ㅇ (개정) 공동연구개발비* 및 유형자산 공동사용료** 분담기준 마련

* 공동연구개발 관련 사업부문에서 발생한 매출액 비율

** (고정비) 소유지분비율 및 (고정비 외) 사용횟수비율

□ 적격분할 주식승계 요건 합리화(법인칙 §41⑧)

◦ (현행) 적격분할 시 분할사업부문과의 직접 거래비중이 30% 이상인 법인의 주식은 승계 가능

◦ (개정) 적격분할 시 분할사업부문과의 직･간접 거래비중이 20% 이상인 완전자회사의 주식도 승계 가능 등 추가

□ 연구개발용 기계장치 가속상각 강화(법인칙 별표2)

◦ (내용연수 단축) 5년 → 3년

□ 감가상각 대상 무형자산 범위 보완(법인칙 별표3)

◦ (무형자산 추가) 철도시설관리권(내용연수 30년)

4		상속세 및 증여세법 시행규칙

□ 공익법인 외부전문가 세무확인 조문 정비(상증칙 §14③)

◦ (현행) 과세기간·사업연도 종료일부터 2개월 이내 외부전문가 세무확인 실시

◦ (개정) 외부 전문가 세무확인 기간 자율성 제고를 위해 세무확인 조문삭제

□ 비상장보험회사 주식 평가방법 합리화(상증칙 §17의2)

◦ (현행) ｢보험업법｣에 따른 보험회사의 비상장 주식 평가를 위한 순자산가액(=자산-부채) 산정시 부채에 비상위험준비금 포함

◦ (개정) IFRS17 시행에 따라 ｢보험업법｣에 따른 보험회사에 대한 순자산가액 산정시 비상위험준비금 외에 책임준비금·해약환급금준비금도 부채에 포함

5		종합부동산세법 시행규칙

□ 사원용주택등 합산배제 신고 후 변동신고 사유 추가(종부칙 §2④)

◦ (현행) 소유권 또는 전용면적 변동

◦ (개정) 종업원에게 무상 또는 저가로 제공하는 사용자 소유주택의 전세금 또는 임대보증금 변동 추가

□ 종부세 합산배제되는 미분양주택 범위 한시적 확대(종부칙 §4)

◦ (현행) 주택신축판매업자 소유의 미분양 주택에 대해 5년간 종부세 합산배제

◦ (개정) ’25·’26년 납세의무 성립분에 한해 합산배제 기간 연장(5년→7년)

□ 전통사찰보존지 내 주택 부속토지 합산배제 적용을 위한 연간 사용료 계산방법 신설(종부칙 §4의5 신설)

◦ (계산방법) 월세 연간 합계액*

* 임대보증금에 부가칙 제47조의 1년 정기예금이자율을 곱한 금액 포함

□ 종부세 주택 수 특례가 적용되는 지방저가주택 적용범위 확대(종부칙 §4의5)

◦ (수도권에서 제외*) 경기도 가평군

* 수도권에서 제외되어 주택 수 특례 적용 가능

6		조세특례제한법 시행규칙

□ R&D 세액공제 대상 인건비 범위 확대(조특칙 §7)

◦ (현행) 국가전략기술, 신성장·원천기술과 일반 R&D를 동시에 연구한 인력에 대해 일반 R&D 세액공제율 적용

◦ (개정) 기업의 연구개발 지원 확대를 위하여 50% 초과*하는 시간을 국가전략기술 또는 신성장원천기술 R&D에 투입한 경우 실제 투입시간으로 안분하여 R&D 공제율 적용

* 국가전략기술 R&D 투입시간이 50% 이하인 경우 국가전략기술 R&D 투입시간을 신성장·원천기술 R&D 투입시간으로 간주

□ R&D 세액공제 적용대상에서 제외되는 소프트웨어의 범위 구체화(조특칙 §7)

◦ 제외되는 소프트웨어의 범위

- 급여, 회계 등 지원업무용 소프트웨어

- 문서, 도표 등 일반 사무용 소프트웨어

- 컴퓨터 등 구동을 위한 기본운영체제 소프트웨어

□ 국가전략기술 등 공동·위탁 연구개발 적용범위 확대(조특칙 §7)

◦ (현행) 공동·위탁 R&D 세액공제가 적용되는 전담기관의 전담부서등은 국가전략기술, 신성장·원천기술의 경우 해당 연구개발업무만을 직접 수행한 전담부서등에 한정

◦ (개정) 연구개발 지원 확대를 위해 전담부서등의 국가전략기술, 신성장·원천기술 업무수행요건 삭제

□ 임직원 외의 자에 대한 인력개발비 세액공제 적용대상 구체화(조특칙 §7)

◦ (적용대상 확대) 임직원 외의 자에 대한 강의료, 교재비, 실습재료비, 용품비

* 수익(수강료)은 차감

□ 소재·부품·장비 외국법인 인수 세액공제 범위 확대(조특칙 §8의8)

◦ (현행) ｢소재부품장비산업법｣에 따른 핵심전략기술 품목을 생산하는 외국법인 인수 시 세액공제 적용

◦ (개정) ｢공급망안정화법｣에 따른 경제안보 품목(소부장 품목한정)의 매출액 비중이 50% 이상인 외국법인 인수 시 세액공제 적용 추가

□ 지방중소기업 특별지원지역의 범위 조정(조특칙 §25)

◦ (추가) 장성 동화 · 삼계 · 동화전자종합농공단지 · 황룡면 월평 준공업지역

◦ (삭제) 담양일반산업단지, 대마전기자동차산업단지*

* (지정기간) ‘23.3’21. ~ ‘25.3.20.

□ 농어촌주택 양도소득세 특례 소재지 요건 예외지역 확대(조특칙 §45)

◦ (수도권*에서 제외) 경기도 가평군

* 양도세 특례 배제 농어촌주택 소재지

□ 체육시설이용분과 체육시설이용 외 비용 구분 곤란시 체육시설 이용분 계산방법 규정(조특칙 §52의3③)

◦ (계산방법) 신용카드등소득공제 추가공제 대상인 체육시설이용분 계산시 체육시설이용분 및 체육시설이용 외 비용이 구분되지 않는 경우 전체 금액의 50%를 체육시설이용분으로 계산

□ 통합투자세액공제 중 국가전략기술 사업화시설 범위 확대

신규 시설 추가(4개)

현행 시설 범위 확대(1개)

분야	세부기술
이차전지 (1개)	양극재용 금속 화합물 제조･ 가공시설
디스 플레이 (2개)	하이브리드 커버 윈도우 소재 제조 시설
	마이크로LED 소부장 제조 시설
수소 (1개)	수소 처리 바이오에너지 생산 시설

분야	세부기술
반도체 (1개)	차세대 메모리반도체 관련 소부장 제조 시설 → HBM 등 추가

(조특칙 별표6의2)

□ 통합투자세액공제 중 신성장 사업화시설 범위 확대(조특칙 별표6)

신규 시설 추가(1개)

현행 시설 범위 확대(1개)

분야	세부기술
탄소중립 (1개)	전기로 저탄소원료 활용 철강 제조 시설

분야	세부기술
탄소중립 (1개)	바이오케미칼 원료 생산시설 → 바이오 합성고무 추가

□ 국가전략기술사업화시설, 신성장사업화시설의 대상이 되는 소재·부품·장비 관련 시설의 범위 구체화(조특칙 별표6, 별표6의2)

◦ (해당시설 추가) 소재·부품·장비 관련 시설 : 첨단기술 또는 고부가가치 시설*

* ｢소재부품장비산업법 시행령｣ §2

7		국세기본법 시행규칙

□ 국세환급가산금 이자율 조정(국기칙 §19의3)

◦ (이자율 인하) 연 3.5% → 3.1%*

* 적용시기 (국세환급가산금) 규칙 시행일 이후 기간 분부터 적용

□ 국세환급통지서 송달방법 관련 조문 정비(국기칙 §17)

◦ (절차 명확화) 국세환급통지서의 송달 → 국세환급통지서의 우편송달

* 전자송달, 공시송달시 등기우편 불가

8		국제조세조정에 관한 법률 시행규칙

□ 정상가격 조정에 따른 경정청구시 제출대상 자료 추가(국조칙 §2)

◦ (현행) 거래가격 조정신고서

◦ (개정) 국제거래를 통한 조세회피 방지를 위해 정상가격 입증서류* 추가

* 거래당사자의 사업내용·재무제표, 정상가격 조정방법 등 설명자료

□ 개별기업보고서 참고자료 구체화(국조칙 §19, 별지 제13호 서식)

◦ (현행) 일정요건 충족법인*의 경우 사업연도 종료일부터 12개월 이내 법인개요, 특수관계거래 세부내용, 참고자료 등 개별기업보고서 제출의무 존재

* 매출액 1천억원 초과 + 국외특수관계인과 거래 합계액 500억원 초과

◦ (개정) 국제거래를 통한 조세회피 방지를 위해 정상가격 입증서류* 추가

* 국제거래별 구분손익계산서 및 구분재무상태표 또는 별도 작성 손익계산서

9		기타 개정사항

□ 콩나물재배업 부가가치세 영세율 등 적용(영농기자재등면세규정 시행규칙 §2)

◦ (업종추가) 농민 지원 확대를 위해 콩나물재배업 추가